Πώς υπολογίζεται η βαθμολογία ευθυγράμμισης;
Πώς υπολογίζεται η βαθμολογία ευθυγράμμισης;

Βίντεο: Πώς υπολογίζεται η βαθμολογία ευθυγράμμισης;

Βίντεο: Πώς υπολογίζεται η βαθμολογία ευθυγράμμισης;
Βίντεο: Πως κινήθηκαν οι βαθμολογίες των πανελλαδικών εξετάσεων | 30/6/2023 | ΕΡΤ 2024, Νοέμβριος
Anonim

ο σκορ ενός ευθυγραμμία , S, υπολογίζεται ως άθροισμα αντικατάστασης και κενού βαθμολογίες . Υποκατάσταση βαθμολογίες δίνονται από έναν πίνακα αναζήτησης (βλ. PAM, BLOSUM). Χάσμα βαθμολογίες είναι τυπικά υπολογίζεται ως το άθροισμα του G, της ποινής ανοίγματος κενού και του L, της ποινής επέκτασης κενού. Για ένα διάκενο μήκους n, το κόστος του χάσματος θα ήταν G+Ln.

Κατά συνέπεια, τι είναι η βαθμολογία ευθυγράμμισης;

Αριστος ευθυγραμμία και βαθμολογία ευθυγράμμισης Μια βέλτιστη ευθυγραμμία είναι ένα ευθυγραμμία δίνοντας το υψηλότερο σκορ , και βαθμολογία ευθυγράμμισης είναι αυτό το υψηλότερο σκορ . Αυτό είναι το βαθμολογία ευθυγράμμισης του Χ και Υ = το σκορ των Χ και Υ κάτω από μια βέλτιστη ευθυγραμμία . Για παράδειγμα, το βαθμολογία ευθυγράμμισης από τα ακόλουθα Χ και Υ είναι 36.

Εκτός από τα παραπάνω, πώς λειτουργεί η στοίχιση ακολουθίας; Στη βιοπληροφορική, α στοίχιση ακολουθίας είναι ένας τρόπος τακτοποίησης των ακολουθίες DNA, RNA ή πρωτεΐνης για τον εντοπισμό περιοχών ομοιότητας που μπορεί να είναι συνέπεια λειτουργικών, δομικών ή εξελικτικών σχέσεων μεταξύ των ακολουθίες.

Από εδώ, τι είναι η βαθμολογία στη βιοπληροφορική;

Στο πλαίσιο των ευθυγραμμίσεων ακολουθιών, α σκορ είναι μια αριθμητική τιμή που περιγράφει τη συνολική ποιότητα μιας στοίχισης. Οι υψηλότεροι αριθμοί αντιστοιχούν σε μεγαλύτερη ομοιότητα. ο σκορ κλίμακα εξαρτάται από το σκοράρισμα σύστημα που χρησιμοποιείται (πίνακας αντικατάστασης, ποινή κενού).

Τι είναι η βέλτιστη στοίχιση στη στοίχιση ακολουθίας;

ο βέλτιστη ευθυγράμμιση δύο πρωτεϊνών ακολουθίες είναι το ευθυγραμμία που μεγιστοποιεί το άθροισμα των βαθμολογιών των ζευγαριών μείον οποιαδήποτε ποινή για εισαγόμενα κενά. Ο δυναμικός προγραμματισμός επιτρέπει την βέλτιστη ευθυγράμμιση από δύο ακολουθίες να βρεθεί στην τάξη των mnsteps, όπου m και n είναι τα μήκη του ακολουθίες.

Συνιστάται: